Tato diplomová práce, spadající do odvětví proteomiky, je zaměřena na metody sekvenování peptidů pomocí hmotnostní spektrometrie.
Teoretická část práce se zabývá zejména charakteristikou aminokyselin, peptidů a bílkovin. Součástí teorie je i shromáždění základních informací o separačních technikách proteinů a hmotnostní spektrometrii, které tvoří základní proteomické nástroje pro analýzu proteinových vzorků. Další část teoretické práce je věnována metodám sekvenování proteinů/peptidů, interpretaci tandemových spekter a přehledu technik úpravy vzorku, které usnadňují interpretaci informace o peptidových sekvencích z tandemových hmotnostních spekter.
Experimentální část obsahuje přípravu modelového vzorku směsi peptidů z koňského myoglobinu, zahrnující tryptické štěpení v roztoku a purifikaci peptidů pomocí extrakce na pevné fázi. Dále obsahuje provedení a optimalizaci vybraných technik modifikace vzorku na připravené modelové směsi peptidů a nakonec také přípravu reálného vzorku směsi peptidů neznámého vzorku tryptickým štěpením v gelu za použití optimalizovaných podmínek úpravy vzorku. Použité techniky byly obvykle spojeny s aplikací mikrogradientového zařízení za účelem purifikace nebo separace vzorku. Výsledky analýzy reálného vzorku byly použity pro částečnou de novo sekvenaci analyzovaného proteinu a také jeho identifikaci pomocí databázového vyhledávání.
Uvedené postupy a získané výsledky vedly především k zjednodušení derivatizačních protokolů prováděných na stacionární fázi v kolonce a k jejich účinné aplikaci pro analýzu reálných vzorků proteinů separovaných pomocí gelové elektroforézy.