Fluctuations of Bacteriochlorophyll’s Positions in B850 Ring from Photosynthetic Complex LH2

Zobrazit minimální záznam

dc.contributor.author Heřman, Pavel cze
dc.contributor.author Zapletal, David cze
dc.date.accessioned 2017-05-11T11:21:52Z
dc.date.available 2017-05-11T11:21:52Z
dc.date.issued 2016 eng
dc.identifier.issn 1998-0159 eng
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10195/67734
dc.description.abstract Interactions with environment have large impact on the properties of light–harvesting (LH) pigment–protein complexes. Some of these interactions could be modeled by different types of static disorder. Fluctuations of bacteriochlorophyll’s positions in B850 ring from LH2 complex of purple bacteria are investigated in present paper. The nearest neighbour approximation model of the ring is considered. Four modifications of such uncorrelated Gaussian static disorder type (fluctuations of radial positions of molecules on the ring, fluctuations of angular positions of molecules on the ring, fluctuations of molecular positions in perpendicular direction to the ring plane and fluctuations of molecular positions in arbitrary direction) are taking into account. The most important statistical properties of the nearest neighbour transfer integral distributions for different strengths of static disorder are calculated, discussed and compared. eng
dc.format p. 381-389 eng
dc.language.iso eng eng
dc.relation.ispartof International Journal of Mathematics and Computers in Simulation, volume 10, issue: prosinec eng
dc.rights open access eng
dc.subject LH2 eng
dc.subject B850 ring eng
dc.subject static disorder eng
dc.subject Hamiltonian eng
dc.subject transfer integral distributions eng
dc.title Fluctuations of Bacteriochlorophyll’s Positions in B850 Ring from Photosynthetic Complex LH2 eng
dc.title.alternative Fluktuace poloh bakteriochlorofylů v prstenci B850 z fotosyntetického komplexu LH2 cze
dc.type article eng
dc.description.abstract-translated Interakce s okolím silně ovlivňuje vlastnosti světlosběrných (LH) pigment-proteinových komplexů. Některé z těchto interakcí mohou být modelovány jako různé typy statického nepořádku. V tomto článku jsou zkoumány fluktuace poloh bakteriochlorofylu v prstenci B850 z LH2 komplexu z purpurových bakterií, přičemž je předpokládán model interakce mezi nejbližšími sousedy. V úvahu jsou brány čtyři modifikace takového nekorelovaného statického nepořádku (fluktuace poloh v radiálním směru, fluktuace poloh podél prstence, fluktuace poloh ve směru kolmém k prstenci a fluktuace poloh v libovolném směru). Jsou spočteny nejdůležitější statistické vlastnosti distribucí transfer integrálu mezi nejbližšími sousedy pro uvedené typy statického nepořádku. Výsledky jsou diskutovány a porovnány. Jsou prezentována simulovaná absorpční a stacionární fluorescenční spektra pro model periferní cyklické anténní jednotky LH2 z purpurových bakterií. V rámci modelu plného hamiltoniánu jsou počítána spektra pro komplexnější systém (prstenec B850 a B800) a tyto výsledky jsou porovnávány s předchozími výsledky získanými v rámci modelu aproximace nejbližších sousedů. Do simulací je zahrnut dynamický nepořádek - interakce s fononovou lázní v Markovovské aproximaci - současně s nekorelovaným statickým nepořádkem v lokálních excitačních energiích. Pro výpočet spektrální odezvy systému s exciton-fononovou vazbou je použita Mukamelova metoda kumulantů. Je též zkoumána lokalizace excitonových stavu. cze
dc.peerreviewed yes eng
dc.publicationstatus postprint eng
dc.relation.publisherversion http://www.naun.org/main/NAUN/mcs/2016/a962002-279.pdf
dc.identifier.scopus 2-s2.0-85007414023
dc.identifier.scopus 2-s2.0-85007414023
dc.identifier.obd 39878392 eng


Tento záznam se objevuje v následujících kolekcích

Zobrazit minimální záznam

Vyhledávání


Rozšířené hledání

Procházet

Můj účet